Gênes, au milieu du XIVe siècle.

Prologue
Patriciens et plébéiens se disputent le pouvoir. Paolo et Pietro, meneurs du parti populaire, espèrent remporter la victoire en faisant élire Simon Boccanegra doge de Gênes. Simon, ancien corsaire au service de la République, espère que cette élection vaincra la résistance du patricien Jacopo Fiesco qui lui refuse la main de sa fille Maria. Simon Boccanegra a séduit Maria et un enfant est né de leur union. Depuis, le patricien a séquestré sa fille dans son palais et elle y est morte de chagrin. Lorsque Fiesco quitte son palais et se heurte à Simon, il lui réclame d’abord l’enfant de sa fille Maria. Simon doit avouer qu’il a été enlevé. Fiesco, bouleversé, le laisse pénétrer dans son palais pour qu’il y découvre le cercueil de Maria. Anéanti par la cruauté du destin, Simon quitte le palais. Dehors le peuple acclame le nouveau doge.

Acte 1 : 25 ans plus tard
Dans la maison des Grimaldi, patriciens exilés pour avoir comploté la chute du doge, Amelia Grimaldi attend son bien-aimé Gabriele Adorno. Gabriele, ayant appris que le doge veut marier Amelia à son ami Paolo Albiani, demande au tuteur de la jeune fille, Andrea, de bénir leur union. Celui-ci n’est autre que Fiesco, qui se cache depuis des années sous cette fausse identité. Il ignore qu’Amelia est en réalité sa petite-fille Maria, enlevée lorsqu’elle était enfant et adoptée par la famille Grimaldi. Simon Boccanegra vient en personne demander la main d’Amelia pour Paolo Albiani et annonce à la jeune fille la réhabilitation prochaine des Grimaldi. Amelia lui confie alors qu’elle n’est pas une Grimaldi de naissance et lui montre un médaillon repré- sentant sa véritable mère qu’elle n’a jamais connue. Le doge y  reconnaît celle qu’il a aimée autrefois et comprend qu’Amelia est sa propre fille. Il ne peut plus lui imposer le mariage avec Paolo qui, déçu, jure de se venger. Pendant les négociations de paix entre Gênes et Venise, la foule mène Gabriele et Andrea/Fiesco devant le doge. Ils annoncent qu’Amelia a été enlevée. Gabriele accuse Boccanegra d’être l’instigateur du rapt. Il lève son épée contre lui, mais Amelia réapparaît  : elle est parvenue à échapper à ses ravisseurs. Patriciens et plébéiens s’accusent mutuellement du crime. Boccanegra impose silence à tous, et oblige Paolo à maudire le coupable, tandis qu’Andrea et Gabriele sont emprisonnés.

Acte 2 :
Paolo, qui avait ordonné l’enlèvement d’Amelia, s’est donc maudit lui-même. Poussé par sa haine, il verse du poison dans le verre du doge. Il libère Andrea/Fiesco et Gabriele et leur demande de tuer Boccanegra. Seul Gabriele se prête au complot, car Paolo lui a fait croire qu’Amelia est la maîtresse du doge. Ce dernier, fatigué par les négociations, vide le verre qui contient le poison et s’assoupit. Gabriele sort de sa cachette pour le poignarder. Mais Amelia intervient une nouvelle fois et lui apprend qu’elle est en fait la fille de Boccanegra. Quand l’émeute fomentée par les patriciens éclate, Gabriele se joint au doge et défend le palais contre les assaillants.

Acte 3 :
Gênes fête la victoire de Boccanegra sur les rebelles. Le doge gracie la plupart des meneurs. Seul Paolo est exécuté. En route vers l’échafaud, il confie à Andrea que le doge est empoisonné et mourant. Fiesco, hanté par la vengeance, se présente devant Boccanegra sous son vrai nom, mais le doge le conduit vers Amelia et lui révèle qu’elle est sa petite fille. Les deux hommes se réconcilient mais le poison commence à agir. Boccanegra bénit le mariage d’Amelia et Gabriele et, avant de mourir, désigne le jeune homme comme son successeur. Jacopo Fiesco annonce la mort de Simon Boccanegra au peuple.