Jules César, après avoir battu Pompée à Pharsale, en Grèce, le poursuit jusqu’en Egypte où le vaincu a trouvé refuge auprès de Ptolémée XIV qui règne sur la vallée du Nil avec sa sœur Cléopâtre.

Acte 1 :
UNE PLAINE EN EGYPTE
Le rideau se lève sur l’entrée de César en Egypte. Cornélie et Sextus (Sesto), l’épouse et le fils de Pompée viennent demander la paix. Ils sont interrompus par Achillas qui apporte, au nom de Ptolémée (Tolomeo) son maître, des cadeaux destinés à gagner les faveurs de César. Sous les présents, se trouve la tête de Pompée. César réagit avec indignation face aux pratiques de ce souverain barbare. Cornélie est accablée de douleur, Sextus jure de venger son père.

LE PALAIS ROYAL
Cléopâtre apprend la mort de Pompée de la bouche de Nirenus (Nireno) qui, sous couvert de servir Ptolémée, est le fidèle confident de la reine. Ptolémée paraît et aussitôt les querelles de pouvoir reprennent. Achillas fait irruption et rapporte son entrevue avec César. Devant la fureur de Ptolémée, il promet de tuer César à condition d’obtenir la main de Cornélie en récompense.

LE CAMP DE CÉSAR
Cléopâtre se présente avec Nirenus. Elle prétend être Lydie, une jeune fille de la suite de Cléopâtre. Captivé par sa beauté, César lui promet son aide. Confiante dans son subterfuge, Cléopâtre compte sur ses attraits pour triompher de son frère. Cornélie vient se recueillir sur les cendres de Pompée. Sextus surgit et empêche sa mère d’accomplir une vengeance qui lui revient. Cléopâtre, se faisant toujours passer pour Lydie, et Nirenus proposent de les guider jusqu’au tyran. Restée seule, Cléopâtre chante l’espoir de voir aboutir ses plans.

UNE PIÈCE DE RÉCEPTION DANS LE PALAIS ROYAL.
Jules César et Ptolémée font assaut de diplomatie mais ces courtoisies ne parviennent pas à masquer un mépris réciproque. Cornélie et Sextus surviennent, défiant Ptolémée, lequel ne reste pas insensible au spectacle de cette veuve enragée et la fait arrêter avec son fils. Il promet la captive à Achillas mais se la réserve en secret. Achillas offre à Cornélie sa liberté contre l’hymen mais se heurte à un refus.

Acte 2 : 
LA COMÉDIE DE LA VERTU
Ayant préparé avec Nirenus une mise en scène allégorique destinée à subjuguer César, Cléopâtre apparaît au son d’une musique céleste, sous l’aspect de la Vertu entourée des neuf Muses. César, au comble du bonheur, s’apprête à suivre Nirenus pour rejoindre Lydie dans ses appartements.

DANS LES JARDINS DU PALAIS
Cornélie se livre à des travaux humiliants sous l’œil d’Achillas. Ptolémée tente à son tour de séduire Cornélie qui refuse ses avances. Demeurée seule, elle s’apprête à trouver la mort en se jetant parmi les fauves. Elle est arrêtée par Sextus et Nirenus, lequel a reçu l’ordre de conduire Cornélie au sein du harem. Nirenus s’offre à cacher Sextus dans le sérail afin qu’il puisse frapper Ptolémée avant que celui-ci n’abuse de sa mère.

LE JARDIN DES DÉLICES
Le tendre entretien entre César et Cléopâtre est interrompu par Curion, qui dévoile à César qu’un complot s’ourdit contre lui. Cléopâtre se trahit tandis que César s’élance pour affronter les conjurés. Restée seule, Cléopâtre réalise qu’elle a été dépassée par son propre stratagème ; elle est amoureuse de César et appelle sur lui la protection des dieux.

LE HAREM
Ptolémée s’apprête à abuser de Cornélie. Sextus, entré discrètement, va pour se saisir de l’arme du tyran lorsqu’Achillas survient et s’en empare. L’Egyptien affirme que César a péri en plongeant d’une fenêtre du palais dans le port d’Alexandrie pour échapper à l’embuscade. Cléopâtre a pris la tête des armées romaines et la bataille va s’engager. Confiant dans la victoire, Ptolémée rejette la demande d’Achillas qui réclame son dû, à savoir la main de Cornélie.

Acte 3 : 
LA BATAILLE
Achillas, trahi par Ptolémée, décide de se ranger aux côtés de Cléopâtre. Mais la bataille tourne à l’avantage des Egyptiens, qui capturent la reine. Cléopâtre pleure César qu’elle croit mort.

LE RIVAGE
César n’a pas péri. Il gagne le rivage, seul, épuisé, inquiet du sort de son armée et plus encore de celui de Cléopâtre. Sextus et Nirenus recueillent les aveux d’Achillas, mourant, qui leur remet un sceau destiné à rallier ses troupes avec lesquelles ils pourront investir secrètement le palais royal. S’étant fait reconnaître, César se fait remettre le sceau puis court délivrer Cléopâtre.

LA PRISON DE CLÉOPÂTRE
Cléopâtre s’apprête à mourir. Mais le bruit des armes est celui de César qui vient la libérer avant d’achever sa victoire sur Ptolémée.

LE HAREM
Ptolémée s’apprête à posséder Cornélie. Sextus se précipite et le tue. La veuve de Pompée commence à retrouver le goût de vivre.

LE PORT D’ALEXANDRIE
Sextus et Cornélie amènent la couronne de Ptolémée. César la remet à Cléopâtre qui reconnaît être sa vassale. Ils se déclarent leur amour. Tous fêtent le retour de la paix, tandis que César et Cléopâtre s’embarquent sur le Nil à la découverte des pyramides.