Né à Gand (Belgique), fils de boulanger, Gerard Mortier est titulaire d’un doctorat de droit et d’une licence en sciences de la communication, obtenus à l’université de Gand. Passionné d’opéra, il débute sa carrière professionnelle comme assistant du directeur du Festival des Flandres, à la fin des années 60. 

De 1979 à 1981, il est engagé comme conseiller technique de la programmation auprès de Rolf Liebermann et Hugues Gall à la direction de l'Opéra de Paris. 

De 1981 à 1992, il dirige le Théâtre Royal de La Monnaie, avec son directeur musical Sylvain Cambreling, il produit des spectacles signés Luc Bondy, Patrice Chéreau, Karl-Ernst Herrmann, Peter Mussbach et Herbert Wernicke et hisse La Monnaie au rang des grandes maisons d’opéra européennes. 

En 1992, il se voit confié la direction du Festival de Salzbourg, où il restera jusqu’en 2001. Il devient ensuite directeur du festival de la Ruhr (2002-2004). 

Gerard Mortier succède à Hugues Gall à la tête de l'Opéra de Paris, de 2004 à 2009. Il initie de nombreuses collaborations avec des metteurs en scène tels Michael Haneke, Krzysztof Warlikowski, Christoph Marthaler ou encore La Fura dels Baus, des plasticiens comme Bill Viola (Tristan et Isolde) et Anselm Kiefer ainsi que les compositeurs Kaija Saariaho et Philippe Boesmans. 

Le mandat de Gerard Mortier est marqué par la programmation d’ouvrages rares : Cardillac d’Hindemith, Louise de Gustave Charpentier, De la Maison des morts de Janáček, L’Affaire Makropoulos. 

De nombreuses créations complètent le répertoire du Ballet : Le Songe de Médée (Preljocaj), Caligula (Le Riche), Véronique Doisneau (Bel), L’Envol d’Icare (Malandain), Amoveo (Millepied), Genus (McGregor), Les Enfants du paradis (Martinez). Orphée et Eurydice (Bausch) entre également au répertoire du Ballet. 

Nommé au New York City Opera en 2007, Gerard Mortier renonce au poste avant son entrée en fonction prévue en 2009, et prend la direction du Teatro Real de Madrid qu’il dirige jusqu’en 2013.