Après les neuf ans de mandat d’Hugues Gall, la direction est assurée par Gerard Mortier, ancien directeur de la Monnaie de Bruxelles, du festival de Salzbourg et du Festival triennal de la Ruhr. Ses choix artistiques anticonformistes créent souvent la polémique mais contribuent à faire évoluer le goût du public.

Il noue de nombreuses collaborations avec des metteurs en scène tels que Michael Haneke, Krzysztof Warlikowski, Christoph Marthaler ou encore La Fura dels Baus, des plasticiens comme Bill Viola (Tristan et Isolde) et Anselm Kiefer ainsi que les compositeurs Kaija Saariaho et Philippe Boesmans. Son mandat est marqué par la programmation d’ouvrages rares : Cardillac de Paul Hindemith, Louise de Gustave Charpentier, De la Maison des morts ou encore L’Affaire Makropoulos de Leoš Janáček.

De nombreuses créations enrichissent le répertoire du Ballet : Le Songe de Médée (Angelin Preljocaj), Caligula (Nicolas Le Riche), Véronique Doisneau (Jérôme Bel), L’Envol d’Icare (Thierry Malandain), Amoveo (Benjamin Millepied), Genus (Wayne McGregor), Les Enfants du paradis (José Martinez), Orphée et Eurydice (Pina Bausch), O złożony, O composite (Trisha Brown)… Nommé au New York City Opera en 2007, Gerard Mortier renonce au poste avant son entrée en fonction prévue en 2009, et prend la direction du Teatro Real de Madrid qu’il dirige jusqu’en 2013.

Nicolas Joel débute son mandat de directeur de l’Opéra national de Paris en 2009. Parmi les pièces maîtresses du répertoire, une place est accordée pendant son mandat à la création contemporaine avec les opéras Akhmatova de Bruno Mantovani et La Cerisaie de Philippe Fénelon (création en version scénique), les ballets La Source de Jean-Guillaume Bart, Psyché d’Alexeï Ratmansky, L’Anatomie de la sensation de Wayne McGregor et Siddharta d’Angelin Preljocaj.

De nombreuses entrées au répertoire marquent également sa direction : La Ville morte (Korngold), Mathis le peintre (Hindemith), Francesca de Rimini (Zandonai), Kaguyahime (Kylian). Enfin, Aida et le « Ring » sont présentés dans de nouvelles productions, respectivement mises en scène par Olivier Py et Gunter Krämer.

Stéphane Lissner succède à Nicolas Joel en 2014. Il conforte Philippe Jordan dans ses fonctions de directeur musical et invite de nombreux metteurs en scène de théâtre comme Claus Guth, Calixto Bieito, Peter Sellars, Dmitri Tcherniakov, Ivo van Hove, Krzysztof Warlikowski, Thomas Jolly… 

La nouvelle production qui marque son début de mandat est Moses und Aaron d’Arnold Schönberg, chanté pour la première fois à l’Opéra de Paris en langue originale, dans la mise en scène de Romeo Castellucci. 

Il s’attache également à faire représenter des ouvrages jamais donnés à l’Opéra comme Eliogabalo de Francesco Cavalli en 2016, à promouvoir le répertoire français du XIXe siècle avec un cycle Berlioz ou de nouvelles productions de Carmen, Les Huguenots et Manon. 

En matière de création, il passe des commandes en lien avec des chefs-d’œuvre de la littérature : Trompe-la-Mort (2017) de Luca Francesconi d’après Balzac, Bérénice de Michael Jarrell (2018) d’après Racine, Le Soulier de satin (2021) de Marc-André Dalbavie d’après Claudel. C’est également sous son mandat qu’est donnée la première française de Only the Sound Remains (2018) de Kaija Saariaho.

Parmi les productions marquantes figurent aussi les mises en scène de Cosi fan tutte à la chorégraphe Anne Teresa De Keersmaker (2017) et des Indes galantes de Rameau par Clement Gogitore et Bintou Dembélé (2019) dans le cadre des 350 de la naissance de l’Opéra de Paris.

Brigitte Lefèvre quitte ses fonctions en 2014 après plus de 20 ans à la Direction de la Danse. Benjamin Millepied lui succède comme Directeur de la Danse. Il fait rénover les sols des studios de répétitions du Palais Garnier et développe le suivi médical des danseurs comme pour des athlètes de haut niveau. Il crée ses propres créations et des commandes à des chorégraphes de tels Crystal Pite, Anne Teresa De Keersmaeker….

Il quitte ses fonctions en juillet 2016 et est remplacé par Aurélie Dupont. Tout en remettant à l’honneur les grands ballets du répertoire, l’ancienne danseuse Étoile donne une importance particulière à de nouvelles esthétiques chorégraphiques, notamment issues de la Baatsheva Dance Company tels que Hofesh Shechter ou Ohad Naharin, et parvient à convaincre Mats Ek de revenir à la scène en 2019 pour offrir deux créations aux danseurs du Ballet de l’Opéra de Paris : Another Place et Boléro.